MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 20343

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	ATG	2	6	1335	1340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352288
2	NC_022109	GTG	2	6	1341	1346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352288
3	NC_022109	TCC	2	6	1350	1355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352288
4	NC_022109	AGC	2	6	1364	1369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
5	NC_022109	T	6	6	1383	1388	0 %	100 %	0 %	0 %	532352288
6	NC_022109	AGC	2	6	1391	1396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
7	NC_022109	AAG	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
8	NC_022109	TAC	2	6	1440	1445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352288
9	NC_022109	GCT	2	6	1450	1455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352288
10	NC_022109	AGTA	2	8	1488	1495	50 %	25 %	25 %	0 %	532352288
11	NC_022109	AAC	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352288
12	NC_022109	AGA	2	6	1560	1565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
13	NC_022109	AGA	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
14	NC_022109	ATC	2	6	1823	1828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
15	NC_022109	TGC	2	6	1843	1848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352289
16	NC_022109	ATGA	2	8	1892	1899	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
17	NC_022109	GATA	2	8	1930	1937	50 %	25 %	25 %	0 %	532352289
18	NC_022109	CAT	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
19	NC_022109	AGA	2	6	1996	2001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
20	NC_022109	AAG	2	6	2025	2030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
21	NC_022109	GGA	2	6	2060	2065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352289
22	NC_022109	AG	3	6	2152	2157	50 %	0 %	50 %	0 %	532352290
23	NC_022109	ATC	2	6	2189	2194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352290
24	NC_022109	TTTC	2	8	2227	2234	0 %	75 %	0 %	25 %	532352290
25	NC_022109	ATA	2	6	2339	2344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
26	NC_022109	AAC	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352290
27	NC_022109	GGT	2	6	2418	2423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
28	NC_022109	AAT	2	6	2524	2529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
29	NC_022109	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352290
30	NC_022109	GCA	2	6	2578	2583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
31	NC_022109	GGA	2	6	2626	2631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
32	NC_022109	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
33	NC_022109	GTT	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
34	NC_022109	GGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
35	NC_022109	GA	3	6	2820	2825	50 %	0 %	50 %	0 %	532352290
36	NC_022109	T	6	6	2827	2832	0 %	100 %	0 %	0 %	532352290
37	NC_022109	AAG	2	6	2912	2917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
38	NC_022109	ATT	2	6	2974	2979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352290
39	NC_022109	TTG	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
40	NC_022109	CATG	2	8	3108	3115	25 %	25 %	25 %	25 %	532352290
41	NC_022109	AAG	2	6	3137	3142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
42	NC_022109	AAG	2	6	3152	3157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
43	NC_022109	CAG	2	6	3194	3199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
44	NC_022109	GCT	2	6	3265	3270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352290
45	NC_022109	TGTGA	2	10	3280	3289	20 %	40 %	40 %	0 %	532352290
46	NC_022109	TTCC	2	8	3413	3420	0 %	50 %	0 %	50 %	532352290
47	NC_022109	AAG	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
48	NC_022109	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
49	NC_022109	GGA	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
50	NC_022109	AAT	2	6	3578	3583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
51	NC_022109	TTGAA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	20 %	0 %	532352291
52	NC_022109	ATT	2	6	3658	3663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352291
53	NC_022109	TGA	2	6	3688	3693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
54	NC_022109	TTTA	2	8	3811	3818	25 %	75 %	0 %	0 %	532352291
55	NC_022109	GTA	2	6	3920	3925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
56	NC_022109	GAGAA	2	10	3930	3939	60 %	0 %	40 %	0 %	532352291
57	NC_022109	AGA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
58	NC_022109	ATCC	2	8	4111	4118	25 %	25 %	0 %	50 %	532352291
59	NC_022109	GAA	2	6	4151	4156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
60	NC_022109	CGT	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352291
61	NC_022109	A	7	7	4327	4333	100 %	0 %	0 %	0 %	532352291
62	NC_022109	GTT	2	6	4334	4339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
63	NC_022109	GAAAA	2	10	4367	4376	80 %	0 %	20 %	0 %	532352291
64	NC_022109	A	7	7	4373	4379	100 %	0 %	0 %	0 %	532352291
65	NC_022109	TGA	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
66	NC_022109	AT	3	6	4513	4518	50 %	50 %	0 %	0 %	532352291
67	NC_022109	TTACA	2	10	4522	4531	40 %	40 %	0 %	20 %	532352291
68	NC_022109	TTG	2	6	4566	4571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
69	NC_022109	TTC	2	6	4707	4712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
70	NC_022109	TCT	2	6	4799	4804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
71	NC_022109	AGA	2	6	4819	4824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
72	NC_022109	GTT	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
73	NC_022109	GACG	2	8	4858	4865	25 %	0 %	50 %	25 %	532352291
74	NC_022109	GGT	2	6	4894	4899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352291
75	NC_022109	AAAGCT	2	12	4940	4951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532352291
76	NC_022109	TTGG	2	8	4961	4968	0 %	50 %	50 %	0 %	532352291
77	NC_022109	CTC	2	6	4998	5003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352291
78	NC_022109	AGC	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352291
79	NC_022109	ATT	2	6	5148	5153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352292
80	NC_022109	TCT	2	6	5166	5171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
81	NC_022109	GCT	2	6	5212	5217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
82	NC_022109	GTCTT	2	10	5218	5227	0 %	60 %	20 %	20 %	532352292
83	NC_022109	GAT	2	6	5247	5252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352292
84	NC_022109	TC	3	6	5263	5268	0 %	50 %	0 %	50 %	532352292
85	NC_022109	GA	3	6	5274	5279	50 %	0 %	50 %	0 %	532352292
86	NC_022109	ACG	2	6	5285	5290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352292
87	NC_022109	GAA	2	6	5309	5314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
88	NC_022109	TGGA	2	8	5322	5329	25 %	25 %	50 %	0 %	532352292
89	NC_022109	AT	3	6	5378	5383	50 %	50 %	0 %	0 %	532352292
90	NC_022109	AGA	3	9	5386	5394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
91	NC_022109	AGA	2	6	5404	5409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
92	NC_022109	TGG	2	6	5440	5445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352292
93	NC_022109	AGA	3	9	5458	5466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
94	NC_022109	GGA	2	6	5467	5472	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
95	NC_022109	TG	3	6	5531	5536	0 %	50 %	50 %	0 %	532352292
96	NC_022109	T	6	6	5609	5614	0 %	100 %	0 %	0 %	532352292
97	NC_022109	TCA	2	6	5652	5657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352292
98	NC_022109	GGA	2	6	5689	5694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
99	NC_022109	CTTT	2	8	5699	5706	0 %	75 %	0 %	25 %	532352292
100	NC_022109	CTT	2	6	5749	5754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
101	NC_022109	CTG	2	6	5755	5760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
102	NC_022109	CAG	2	6	5910	5915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352292
103	NC_022109	AG	3	6	5939	5944	50 %	0 %	50 %	0 %	532352292
104	NC_022109	GGGA	2	8	6214	6221	25 %	0 %	75 %	0 %	532352292
105	NC_022109	AGG	2	6	6439	6444	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352293
106	NC_022109	GAA	2	6	6483	6488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352293
107	NC_022109	GGTG	2	8	6517	6524	0 %	25 %	75 %	0 %	532352293
108	NC_022109	AAAT	2	8	6583	6590	75 %	25 %	0 %	0 %	532352293
109	NC_022109	GCA	2	6	6747	6752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352293
110	NC_022109	AAG	2	6	6788	6793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352293
111	NC_022109	TGC	2	6	6821	6826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352293
112	NC_022109	ATTT	2	8	7095	7102	25 %	75 %	0 %	0 %	532353119
113	NC_022109	TTA	2	6	7153	7158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353119
114	NC_022109	TTTG	2	8	7187	7194	0 %	75 %	25 %	0 %	532353119
115	NC_022109	GAA	2	6	7202	7207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353119
116	NC_022109	TCG	2	6	7313	7318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352294
117	NC_022109	TCC	2	6	7356	7361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352294
118	NC_022109	GTT	2	6	7464	7469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352294
119	NC_022109	AC	3	6	7646	7651	50 %	0 %	0 %	50 %	532352294
120	NC_022109	T	6	6	7682	7687	0 %	100 %	0 %	0 %	532352294
121	NC_022109	TGGTA	2	10	7689	7698	20 %	40 %	40 %	0 %	532352294
122	NC_022109	AAGC	2	8	7819	7826	50 %	0 %	25 %	25 %	532352294
123	NC_022109	TTA	2	6	7834	7839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352294
124	NC_022109	A	6	6	7966	7971	100 %	0 %	0 %	0 %	532352294
125	NC_022109	T	6	6	8051	8056	0 %	100 %	0 %	0 %	532352294
126	NC_022109	TTC	2	6	8157	8162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352294
127	NC_022109	ATTG	2	8	8217	8224	25 %	50 %	25 %	0 %	532352295
128	NC_022109	GAA	2	6	8301	8306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352295
129	NC_022109	AG	3	6	8389	8394	50 %	0 %	50 %	0 %	532352295
130	NC_022109	ACC	2	6	8429	8434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352295
131	NC_022109	CTT	2	6	8482	8487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352295
132	NC_022109	CT	4	8	8508	8515	0 %	50 %	0 %	50 %	532352295
133	NC_022109	GAG	2	6	8562	8567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
134	NC_022109	ATA	2	6	8579	8584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352295
135	NC_022109	GT	3	6	8590	8595	0 %	50 %	50 %	0 %	532352295
136	NC_022109	AGG	2	6	8603	8608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
137	NC_022109	AGCG	2	8	8684	8691	25 %	0 %	50 %	25 %	532352295
138	NC_022109	AAAG	2	8	8705	8712	75 %	0 %	25 %	0 %	532352295
139	NC_022109	GAA	2	6	8783	8788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352295
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142	NC_022109	TGT	2	6	8870	8875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352295
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144	NC_022109	TAC	2	6	8953	8958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352295
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146	NC_022109	CTTT	2	8	9045	9052	0 %	75 %	0 %	25 %	532352295
147	NC_022109	GTT	2	6	9057	9062	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352295
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149	NC_022109	CGAAA	2	10	9097	9106	60 %	0 %	20 %	20 %	532352295
150	NC_022109	GAG	2	6	9107	9112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
151	NC_022109	TTA	2	6	9395	9400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352296
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155	NC_022109	A	6	6	9557	9562	100 %	0 %	0 %	0 %	532352296
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157	NC_022109	ATGG	2	8	9581	9588	25 %	25 %	50 %	0 %	532352296
158	NC_022109	TGC	2	6	9660	9665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352296
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161	NC_022109	TCG	2	6	9747	9752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352296
162	NC_022109	TGG	2	6	9770	9775	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352296
163	NC_022109	GTA	2	6	9821	9826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352297
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172	NC_022109	T	8	8	10406	10413	0 %	100 %	0 %	0 %	532352297
173	NC_022109	GCAA	2	8	10423	10430	50 %	0 %	25 %	25 %	532352297
174	NC_022109	GGT	2	6	10440	10445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352297
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249	NC_022109	T	7	7	13985	13991	0 %	100 %	0 %	0 %	532352300
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257	NC_022109	ATTT	2	8	14414	14421	25 %	75 %	0 %	0 %	532352300
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265	NC_022109	TTA	2	6	14867	14872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352300
266	NC_022109	CTT	2	6	14888	14893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352300
267	NC_022109	TTC	2	6	14984	14989	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352301
268	NC_022109	TGT	2	6	14991	14996	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352301
269	NC_022109	GATTT	2	10	15047	15056	20 %	60 %	20 %	0 %	532352301
270	NC_022109	TTTC	2	8	15076	15083	0 %	75 %	0 %	25 %	532352301
271	NC_022109	TCA	2	6	15158	15163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352301
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274	NC_022109	TAT	2	6	15464	15469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352301
275	NC_022109	AAAT	2	8	15558	15565	75 %	25 %	0 %	0 %	532352301
276	NC_022109	TCA	2	6	15695	15700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352301
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278	NC_022109	GTA	2	6	15712	15717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352301
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280	NC_022109	TC	3	6	15783	15788	0 %	50 %	0 %	50 %	532352301
281	NC_022109	TTG	2	6	15799	15804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352301
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291	NC_022109	GTAA	2	8	16400	16407	50 %	25 %	25 %	0 %	532352302
292	NC_022109	T	7	7	16424	16430	0 %	100 %	0 %	0 %	532352302
293	NC_022109	ATT	2	6	16472	16477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352302
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377	NC_022109	A	6	6	21509	21514	100 %	0 %	0 %	0 %	532352306
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382	NC_022109	GGA	2	6	21866	21871	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352306
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384	NC_022109	CT	4	8	21915	21922	0 %	50 %	0 %	50 %	532352306
385	NC_022109	AGT	2	6	21954	21959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352306
386	NC_022109	GAC	2	6	22027	22032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352306
387	NC_022109	TTTGC	2	10	22051	22060	0 %	60 %	20 %	20 %	532352306
388	NC_022109	TCT	2	6	22077	22082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352306
389	NC_022109	AT	3	6	22185	22190	50 %	50 %	0 %	0 %	532352306
390	NC_022109	TTG	2	6	22271	22276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352306
391	NC_022109	TTC	2	6	22340	22345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352306
392	NC_022109	T	6	6	22417	22422	0 %	100 %	0 %	0 %	532352306
393	NC_022109	AT	3	6	22509	22514	50 %	50 %	0 %	0 %	532352306
394	NC_022109	CTG	2	6	22520	22525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352306
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396	NC_022109	GAA	2	6	22548	22553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352306
397	NC_022109	TTG	2	6	22602	22607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352306
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499	NC_022109	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310
500	NC_022109	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532352310

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